Après de fortes études dû à ses origines de bonne souche, Pérignon débute sa carrière dans l'armée comme aide de camp de Preissac. Déçu d'être bloqué dans son avancement par l'insuffisance de ses protections, de l'ennui de la vie militaire et, sans doute aussi, de ses titres de noblesse, il quitte l'armée et se lance dans la Révolution.

Elu député à l'Assemblée législative en 1791, il reprend du service au début de la guerre comme lieutenant-colonel à l'armée des Pyrénées Orientales de 1792 à 1795, la politique parisienne l'enchantant très peu.

Général de brigade en septembre 1793, de division deux mois plus tard, il remporte de nombreux succès, prend le camp du Boulou (1er mai 1794), est vainqueur à la Junquera (7 juin) et à la Montagne Noire (17-20 novembre), remplace Dugommier tué à la tête de l'armée en novembre 1794 et termine victorieusement la guerre.